4 tahun berlalu semenjak insiden S.A.O. Di tahun 2026, alat yang menggunakan AR, «Augma», telah menyebar di seluruh dunia. Tak ada lagi yang bisa membayangkan sebuah permainan hanyalah sebuah permainan. Ketika game menjadi nyata. Medan perang baru yang menyatu di dalam Augmented Reality diciptakan berdasarkan «Ordinal Scale». «Crow69», sang player misterius itu menemukan kejanggalan dibalik «Ordinal Scale». Sesuatu yang gelap terselubung dibalik permainan tersebut. Dan kini, ia mencoba untuk menguak misteri itu.