Le condizioni di Optimus Prime non migliorano, e Jennifer fa una scoperta inquietante sul Cyron. Megatron è deciso a sfruttare la situazione a suo vantaggio e si rivolge a Shockwave. Durante la lunga battaglia che gli Autobot dovranno affrontare per fermare i Decepticon, fintanto ad arrivare su Cybertron, la ninja Elena e sua sorella Jennifer, scienziata alleata ai Decepticon, faranno una scelta che cambierà le loro vite: diventare Transformers grazie a Vector Sigma. Nasceranno così Shadeninja e Shadow.