Die schlimmste Verfolgung der Inquisition richtete sich gegen das Hexenwesen. Man schätzt, dass allein in Deutschland bis zu 40.000 Personen, meist Frauen, dem Hexenwahn zum Opfer fielen. Die Inquisition berief sich auf 2. Mose 22,17: „Eine Zauberin darf nicht am Leben bleiben." Dabei wurde fatalerweise übersehen, wahrscheinlich mit Absicht, dass im hebräischen Original nicht von einer Hexe, sondern von einer Giftmischerin, also einer Mörderin, die Rede ist.
Nach Öffnung eines großen Teils der Archive des Vatikans konnte man feststellen, dass ca. 80 % aller Hexenprozesse auf deutschem Boden stattfanden. Die meisten Hexen wurden zwischen 1550 und 1650 verbrannt. In Würzburg und Bamberg kam es zu besonders spektakulären Massenprozessen. Die Frauen wurden für Missernten, Unglücksfälle und Seuchen verantwortlich gemacht. Der bloße Verdacht genügte, um eingekerkert und gefoltert zu werden.
Den Hexen wurde nachgesagt, sie würden ihre Feinde mit einem Bildzauber vernichten, indem sie ein Ebenbild des Widersachers aus Wachs oder Ton schufen und einen alten Sargnagel hineinstießen. Außerdem kursierte das Gerücht, die Hexen würden sich zu Zirkeln, einer Versammlung von 13 Hexen mit der Hohepriesterin an der Spitze, zusammenfinden. In der Walpurgisnacht würden sie auf einem Besen zum Blocksberg (Brocken) fliegen, um dem Hexensabbat beizuwohnen.
Darunter stellte man sich eine Versammlung vor, auf der der Teufel angebetet, Dämonen beschwört, um mit ihnen Geschlechtsverkehr zu haben, und schwarze Taufen und Hochzeiten zelebriert wurden. Ausgelassen feierte man mit dem Teufelstanz, zu dem Trommeln geschlagen und in Hunde- und Pferdeschädel geblasen wurde. Der Teufel erschien zu diesem Fest als Ziegenbock oder schwarzer Hund. Bei der Initiation als Hexe musste der christliche Glauben verleugnet werden, indem man das Kreuz mit Füßen trat und den eigenen Namen in das Buch des Todes schrieb, worauf man von Satan einen neuen Namen erhielt. Auch der schon erwähnte Pakt mit dem Teufel wurde den Hexen nachgesagt. Dazu mussten sie einen von Satan aufgesetzten Vertrag mit Blut aus der linken Hand unterzeichnen. Als Gegenleistung für die verkaufte Seele wurden den Hexen zeitlich begrenzte Genüsse wie Reichtum, Sex, Macht oder ein dienender Hausgeist versprochen. Bei ihm soll es sich um einen Kobold oder einen Dämon in Gestalt eines Tieres, häufig einer Katze oder Krähe, gehandelt haben. Angeblich wurden dem Futter dieses Wesens einige Tropfen Blut der Hexe beigemischt. Solch abstrusen Geständnisse konnten die Inquisitoren den vermeintlichen Hexen durch massive Folter abringen.
Die Hinrichtung der Hexen und Ketzer war ein großes Massenereignis. In Strömen kamen die Menschen zur Hinrichtungsstätte, denn das Leben zur damaligen Zeit war monoton und bis auf den Markttag fanden so gut wie keine gesellschaftlichen Veranstaltungen statt.
Die Personen, die sich dem abscheulichen Hexenwahn entgegenstellten, mussten ebenso mit dem Tod rechnen. Der Widerstand gegen das Kirchensystem erforderte außerordentlichen Mut. Es ist schade, dass diese Helden des Mittelalters nahezu vergessen sind. Etwa der Jesuitenpater und Dichter Friedrich von Spee (1591 - 1635), der als Beichtvater vieler vermeintlicher Hexen die Einsicht gewann, dass die meisten Angeklagten völlig unschuldig waren. Spee brachte seine Skepsis gegen die Hexenverfolgung in dem Buch „Cautio Criminalis" zum Ausdruck und forderte die Kirche auf, die Hexenjagd zu beenden. Die katholische Kirche versuchte, die Verbreitung dieser Schrift zu verhindern und schickte Spee als Beichtvater zu den Pestkranken nach Trier, wo er sich ansteckte und starb.
Der moderne Hexenkult, der Wiccakult, verehrt die Große Göttin als Verkörperung von Fruchtbarkeit und Mutter der Erde. Diese Große Göttin findet sich schon in prähistorischen Höhlenmalereien. Sie wurde auch von der französischen Königin Katharina von Medici verehrt, die vor allem durch ihr Blutbad an den Hugenotten in der Bartholomäusnacht 1572 bekannt ist. Der moderne Wiccakult kennt verschiedene Rituale mit Anrufen bestimmter Götter bzw. Göttinnen. Die Große Göttin wird als Aradia oder Diana verehrt und soll vor allem Bösen schützen. Daneben kennt man Karnayna als Gott des Waldes und der Ekstase, die Göttin Lucina als Herrin des Lichts, die göttliche Isis als Spenderin von Gesundheit und viele weitere Gottheiten. Bei den Beschwörungen lassen sich die modernen Hexen jedoch, ohne dass es ihnen bewusst ist, mit hochrangigen Dämonen ein, die sie unter dem Schutz eines magischen Kreises anrufen. Das heutige Hexenwesen fühlt sich insbesondere der keltischen Religion verbunden. Das Christentum wird abgelehnt.
